동아제약은 교환사채에서 분리된 warrant를 대주주가 보유하고 있다는 주장과 관련, Warrant의 정확한 명칭은 ‘call option for bond’로 일반적인 warrant와는 다른 “교환사채를 살수 있는 권리”라고 반박하고, 회사나 대주주가 이러한 call option을 절대 보유하고 있지 않다고 주장했다.
또 EB투자자가 투자자금의 일부를 조기에 회수하기 위해 EB중에서 주식으로 교환할 수 있는 권리부분을 분리하여 매각한 것으로 회사와 전혀 관련이 없다고 강조했다.
동아제약은 만일 동아제약이 거래당시부터 의결권이나 의결권행사 지시권을 동아제약 또는 강신호회장에게 귀속시킬 목적으로 이 거래를 한 것이라면 모두 이를 Warrant로 만들어서 매각하도록 하였을 것이라고 밝히고, 그러나 실제는 이와 반대로 우리투자증권은 어떤 해외투자자에게는 교환사채 형태로 매각하고 다른 해외투자자에게는 이 사건 Warrant로 만들어 매각했고, 이는 동아제약이나 강신호회장의 요구가 아닌 각 교환사채를 인수하는 해외투자자들 각각의 요구를 반영하여 이루어진 거래였기 때문이라고 주장했다.
동아제약은 이와 함께 동아제약 주식의 의결권행사에 관한 지시권을 유수의 해외투자자들이 보유하고 있음에도 불구하고, 강문석은 이 주식의 의결권 또는 그 지시권이 실질적으로 누구에게 귀속되어 있는지 여부에 관해서는 아무런 직접적인 입증도하지 않은 채, 동아제약이 이 거래를 통하여 주식에 관한 의결권이나 의결권에 관한 지시권을 가지고 있는 것처럼 주장하고 있다고 밝혔다.