상장 제약바이오기업 3Q 평균 영업이익...전년비 코스피 63.7%, 코스닥 34.3%↑

당기 평균 영업이익 코스피 336억, 코스닥 61억...누적 평균 영업이익 코스피 798억, 코스닥 174억 코스피 '톱5' 삼바 · 셀트리온 · SK바이오팜 · 대웅제약 · 한미약품 코스닥 '톱5' 파마리서치 · 휴젤 · 알테오젠 · HK이노엔 · 동국제약

2025년 3분기 국내 상장 제약바이오 기업들이 외형 성장과 함께 수익성 측면에서도 괄목할 만한 성과를 거둔 것으로 나타났다.

코스피 시장에서는 삼성바이오로직스와 셀트리온 등 대형 바이오 기업들이 압도적인 실적을 견인했고, 코스닥 시장에서는 알테오젠, 파마리서치 등 기술력과 에스테틱 경쟁력을 갖춘 기업들이 높은 영업이익률을 기록하며 실속을 챙겼다.

약업닷컴이 분석한 2025년 3분기 상장 제약바이오사(코스피 42개사, 코스닥 46개사) 영업이익 보고서 따르면, 코스피 제약바이오 기업의 3분기 평균 영업이익은 336억 원으로 전년 동기 대비 63.7% 급증했다. 코스닥 기업 역시 평균 61억 원의 영업이익을 기록하며 34.3% 성장했다.

3분기 누적 영업이익 평균은 코스피 제약바이오기업 798억 원으로 전년동기 대비 58.7% 급증했고, 코스닥 제약바이오 기업 누적 영업이익 평균 174억 원을 기록하며, 전년동기 대비 38.6% 뚜렷한 성장세를 보였다.  

◆코스피 상장 42개사

코스피 제약바이오기업 25년 3분기 영업이익을 살펴보면, 삼성바이오로직스와 셀트리온이라는 '투 톱(Two Top)'이 전체 이익을 견인하는 가운데, 기업 간 실적 양극화가 뚜렷하게 나타났다.

삼성바이오로직스는 3분기에만 7,288억 원의 영업이익을 기록하며 전체 1위를 차지했다. 이는 코스피 평균(336억 원)의 약 21배에 달하는 수치이다. 셀트리온 (3,014억 원)은 3,000억 원대를 기록하며 2위를 지켰습니다. 삼성바이오로직스와의 격차는 있지만, 3위권 기업들과 비교하면 4배 이상의 격차를 벌리며 확고한 '2강 체제'를 구축했다.

이어 SK바이오팜이 701억 원을 기록하며, 전통 제약사들을 제치고 3위에 올랐다. 대웅제약 (569억 원)과 한미약품 (551억 원)이 전통의 라이벌답게 500억 원 중후반대의 비슷한 이익 규모를 기록하며 4, 5위를 나란히 차지했다.

JW중외제약 (320억 원)은 300억 원대 이익으로 평균에 근접한 실적을 냈다.

보령 (294억 원) & GC녹십자 (292억 원): 290억 원대의 대동소이한 실적을 기록했고, 유한양행 (220억 원), 명인제약 (219억 원)이 200억 원대 영업이익을 기록하며 상위 10개 기업에 이름을 올렸다.

3분기 영업이익률을 살며보면, 바이오 CDMO, 신약 개발, 원료 의약품 등 각 분야의 특화된 경쟁력을 바탕으로 막대한 마진을 창출하고 있다고 분석된다.

삼성바이오로직스가 타의 추종을 불허하는 43.9%의 이익률로 전체 1위를 차지했다. SK바이오팜이 36.6%의 높은 이익률로 2위를 기록했다.
파미셀이 31.7%의 이익률로 3위에 올랐다. 최근 상장한 명인제약은 30.1%의 알짜 수익성을 기록하며 '30% 클럽'에 이름을 올렸다.

셀트리온은 약 30%에 육박하는 29.3%의 이익률을 기록했다. 한국유나이티드제약은 16.8%로 코스피 평균(16.7%)을 소폭 상회하며 중견 제약사 중 가장 높은 효율을 보였다.

이어 JW중외제약 (16.0%), 한미약품 (15.2%), 대웅제약 (13.8%), 유유제약 (13.2%) 순으로 나타났다.

전기(2분기) 대비 증감 기준으로 살펴보면, 직전 분기(2분기) 대비 평균 32.1% 증가하며 전반적으로 수익성이 개선되는 흐름을 보였다. 특히 중견 제약사들의 이익 급증 현상이 두드러졌다.

일동제약은 전기 대비 영업이익이 10배 이상(1,033.9%) 폭증하며 전체 1위를 기록했다. 직전 분기 대비 수익성이 극적으로 호전되었다. 이는 강도 높은 구조조정과 R&D 비용 효율화, 주력 품목의 판매 급증 등이 맞물려 나타난 '어닝 서프라이즈'로 분석된다.

현대약품은 전기 대비 3배 이상(220.6%) 성장했다. 전년 동기 대비로는 '흑자전환'에 성공한 상태라, 올해 하반기 들어 수익 구조가 완전히 정상 궤도에 올랐음을 보여준다.

광동제약 (139.3%), 동화약품 (123.1%), 유유제약 (122.0%), 제일약품 (109.7%) 이들 기업 모두 전기 대비 2배 이상의 이익 성장을 달성했습니다. 특히 동화약품과 제일약품은 전년 동기 대비 '흑자전환'까지 이뤄내며 실적 개선세가 뚜렷했다.

이어 삼성바이오로직스 (53.2%), 신풍제약 (46.2%), 하나제약 (+38.4%), 환인제약 (+31.6%)은 코스피 평균 수준 이상의 양호한 실적을 냈다.

전년동기(3분기) 대비 증감 데이터 살펴보면, 코스피 제약바이오 기업들의 전년 동기 대비 평균 성장률은 63.7%로 매우 높게 나타났다. 이는 작년 3분기의 기저효과와 더불어 올해 주요 기업들의 수익성이 구조적으로 개선되었다고 분석된다.

광동제약은 전년 동기 대비 무려 약 8배(692.4%) 성장하며 전체 1위를 기록했다. 파미셀도 5배 이상(533.9%)의 성장률을 기록했다.

SK바이오팜 (262.4%), 동아에스티 (221.9%)는 200% 이상 성장하며 실적 턴어라운드에 성공했다. 삼성바이오로직스 (115.3%), 하나제약 (114.6%)은 100% 넘게 성장하며 이익 규모를 두 배로 불렸다.

이어 일동제약 (87.6%), 대웅제약 (52.6%), 보령 (51.3%), 셀트리온 (45.1%)은 코스피 평균(63.7%) 전후의 성장률을 보이며 안정적인 실적 상승세를 이어가고 있다.

3분기 누적 영업이익 데이터를 살펴보면, 코스피 제약바이오 기업들의 3분기 누적 영업이익 평균은 798억 원이다. 하지만 최상위권 기업(삼성바이오로직스)과 그 외 기업 간의 격차가 매우 크게 벌어져 있어, 사실상 '1강 1중 다약'의 양극화된 시장 구조가 뚜렷했다.

삼성바이오로직스는 3분기까지 누적 영업이익이 무려 1조 6,911억 원에 달했다. 이는 코스피 평균(798억 원)의 약 21배에 해당하며, 2위 기업과 비교해도 2배 이상의 격차를 보이고 있다.

셀트리온은 6,933억 원으로 약 7,000억 원에 육박하는 누적 영업이익을 기록했다.

한미약품은 누적 영업이익 1,745억 원으로 전통 제약사 중에서는 1위를 지켰다. SK바이오팜 (1,577억 원)은 1,500억 원을 돌파하며 4위에 올랐다. 대웅제약도 1,534억 원으로 SK바이오팜과 대등한 실적을 냈다.

이어 JW중외제약 (790억 원), 유한양행 (783억 원), 명인제약 (688억 원), 보령 (657억 원), GC녹십자 (645억 원) 순으로 상위 10개 기업에 이름을 올렸다.

올해 3분기까지의 누적 영업이익률을 살펴보면, 코스피 제약바이오 기업들의 3분기 누적 평균 영업이익률은 14.3%로 나타났다. 상위권 기업들은 이 평균을 2배 이상 상회하는 30~40%대의 초고수익 구조를 보여주며, 바이오 및 특정 분야 강소 제약사들의 수익성이 두드러졌다.

삼성바이오로직스는 누적 영업이익률 39.8%로 전체 1위를 기록했다. 명인제약은 최근 상장한 중견 제약사임에도 32.0%의 높은 이익률로 2위를 차지했다. CNS(중추신경계) 의약품 등 특화된 포트폴리오를 통해 대형사들을 능가하는 알짜 수익성을 유지하고 있다.

파미셀 (31.1%), SK바이오팜 (30.8%)도 '30% 클럽'에 안착했다. 셀트리온은 24.5%의 준수한 이익률을 기록했다.

이어 한국유나이티드제약 (17.1%), 한미약품 (15.7%), JW중외제약 (13.7%), JW생명과학 (13.3%), 대웅제약 (13.1%)은 코스피 평균(14.3%) 전후 근접한 실적을 보이며, 상위 10개 기업에 이름을 올렸다.

3분기 누적 코스피 제약바이오 기업들의 평균 영업이익 성장률은 58.7%로 매우 양호한 수준으로 나타났다. 특히 상위권 기업들은 기저효과를 넘어선 폭발적인 이익 성장으로 산업 전체의 수익성을 강력하게 견인했다.

파미셀은 전년 동기 대비 누적 영업이익이 무려 15배 이상(1,531.1%) 폭증하며 전체 1위를 차지했다.

SK바이오팜 (183.1%), 일동제약 (144.9%), 셀트리온 (134.5%)은 영업이익이 2배 이상 늘어나며 실적의 '퀀텀 점프'를 달성했다.

현대약품 (88.6%), 삼성바이오로직스 (70.1%), GC녹십자 (52.9%)는 시장 평균(58.7%) 전후의 성장률을 기록하며 안정적으로 이익 체력을 키웠다.

대웅제약 (40.5%), 국제약품 (34.2%)은 각각 40%, 30%대의 성장률로 안정적인 실적 상승 흐름을 이어가고 있다. 끝으로 하나제약이 23.3%를 기록하며 상위 10개 기업에 들었다.

◆코스닥 상장 46개사

3분기 코스닥 제약바이오 기업들의 평균 영업이익은 61억 원에 불과했으나, 상위권 기업들은 이보다 수십 배에서 최대 100배에 달하는 막대한 이익을 창출하며 시장을 주도했다.

파마리서치는 3분기에만 619억 원의 영업이익을 기록하며 전체 1위를 차지했다. 이는 코스닥 평균(61억 원)의 10배가 넘는 수치이다. 이어 휴젤이 474억 원으로 2위를 기록했다.

알테오젠 (267억 원), HK이노엔 (259억 원), 동국제약 (248억 원)은 250억 원 내외의 안정적인 이익을 내며, 고성장과 턴어라운드를 이뤘다.

코오롱생명과학 (189억 원), 에스티팜 (147억 원)도 100억 원 이상의 영업이익을 기록했다.

끝으로 케어젠도 99억 원을 기록하며, 상위 10개 기업 모두 평균 영업이익(61억 원)을 상회하는 성과를 올렸다.

3분기 코스닥 제약바이오 기업들의 평균 영업이익률은 12.3%였으나, 상위권 기업들은 이보다 훨씬 높은 40~50%대의 초고수익성을 기록하며 압도적인 경쟁력을 보여주었다.

케어젠은 57.7%라는 경이적인 영업이익률로 전체 1위를 차지했다. 이어 알테오젠도 54.4%의 이익률로 2위를 기록했습니다. 특히 알테오젠은 전기 및 전년 동기 대비 모두 '흑자전환'에 성공하며 훌륭한 실적 턴어라운드를 보여주었다.

파마리서치 (45.7%), 휴젤 (44.8%)은 코스닥 평균(12.3%)을 3~4배 상회하는 40% 중반대의 높은 이익률을 기록했다.

코오롱생명과학 (28.4%), 휴메딕스 (21.9%), 바이오플러스 (20.3%)은 20%대의 이익률로 시장 평균을 2배가량 웃도는 탄탄한 실적을 냈다.

대한약품 (18.9%), 에스티팜 (18.0%), 메디톡스 (14.6%)도 코스닥 제약바이오 기업들의 평균 영업이익률(12.3%)을 웃돌며, 상위 10개 기업에 이름을 올렸다.

3분기 코스닥 기업들의 영업이익은 직전 분기(2분기) 대비 평균 18.7% 증가했다. 상위권 기업들은 이 평균을 훨씬 상회하는 폭발적인 이익 개선을 이루어냈는데, 특히 1,000% 이상의 기록적인 급등을 보인 기업이 등장하는 등 실적 변동성이 매우 역동적으로 나타났다.

코오롱생명과학은 전기 대비 영업이익이 무려 15배(1,403.2%) 폭증하며 전체 1위를 기록했다. 이어 경동제약 (545.6%), 한국파마 (514.5%)가 5배 이상 성장하며 2위, 3위를 각각 기록했다.

대화제약이 전기 대비 267.8% 성장했고, 바이오플러스가 135.3% 성장하며 이익 규모를 두 배로 늘렸다.

이어 신신제약 (78.2%), 메디톡스 (40.9%), 대한약품 (+37.3%), 케어젠 (32.6%), HK이노엔 (32.5%) 순으로 성장하며, 견조한 실적 개선을 보여주었다.

3분기 코스닥 기업들의 전년 동기 대비 영업이익 평균 성장률은 34.3%로 집계됐다. 하지만 상위권에 포진한 기업들은 이보다 훨씬 높은 세 자릿수, 최대 800%에 육박하는 폭발적인 성장률을 기록하며 실적 반등을 주도했다.

CMG제약은 전년 동기 대비 무려 약 9배(798.4%) 성장하며 전체 1위를 차지했다. 이어 안국약품은 약 7배(590.2%) 성장하며 2위를 기록했다. 소형 제약사 중에서는 의미 있는 수준을 달성하며 실적 턴어라운드를 증명했다.

경동제약 약 6배(484.3%) 성장했다. 전기 대비 성장률(545.6%)도 매우 높아, 최근 분기에 수익 구조가 확실히 좋아진 흐름을 타고 있는 것으로 분석된다.

제테마 (316.7%), 이수앱지스 (287.3%), 엘앤씨바이오 (253.0%)가 나란히 200~300%대의 높은 성장률을 기록했다.

에스티팜 (141.6%), 신신제약 (111.7%), 폴라리스AI파마 (+101.7%)는 두 배 이상의 성장을 기록하며 '100% 성장 클럽'에 이름을 올렸다.

끝으로 파마리서치가 77.2%를 기록하며, 상위 10개 기업에 이름을 올렸다.

3분기까지 누적 기준 코스닥 기업들의 평균 영업이익은 174억 원으로 나타났다. 하지만 상위권, 특히 에스테틱 및 바이오 기업들은 이 평균을 수십 배 상회하는 막대한 이익을 창출하며 코스닥 시장의 수익성을 주도했다.

파마리서치 (1,625억 원), 휴젤 (1,430억 원) 단 두 기업만이 누적 영업이익 1,000억 원의 벽을 넘으며 압도적인 '양강 체제'를 구축했다. 두 기업 모두 미용 의료기기(에스테틱) 분야의 강자라는 공통점이 있다.

알테오젠이 누적 영업이익 873억 원으로 3위에 올랐다. 이어 동국제약 (723억 원), HK이노엔 (708억 원)이 전통 제약사로서 700억 원대의 이익을 내며 4, 5위를 차지했다.

휴온스 (358억 원)와 휴메딕스 (312억 원) 두 휴온스 그룹 계열사들이 나란히 300억 원대 이익을 기록했다.

이어 에스티팜 (287억 원), 대한약품 (276억 원), 케어젠 (275억 원)이 200억 원대의 이익을 내며, 상위 10개 기업에 이름을 올렸다.

3분기 누적 기준 코스닥 제약바이오 기업들의 평균 영업이익률은 12.0%로 나타났다. 하지만 상위권, 특히 바이오 플랫폼 및 에스테틱 기업들은 40~50%대의 독보적인 고마진을 기록하며, 제조업 중심의 전통 제약사들과 확연히 다른 수익 구조를 입증했다.

알테오젠이 누적 영업이익률 57.7%로 전체 기업 중 유일하게 누적 이익률 50%를 돌파한 독보적으로 1위를 차지했다.

평균(12.0%)을 3~4배 상회하는 40%대의 초고수익 기업들입니다. 주로 미용 의료기기(에스테틱) 및 특화 바이오 기업들이 포진해 있습니다.

이어 케어젠 (48.6%), 휴젤 (46.7%), 파마리서치 (41.3%)가 평균(12.0%)을 3~4배 상회하는 40%대의 초고수익을 냈다. 주로 미용 의료기기(에스테틱) 및 특화 바이오 기업들이 포진해 있다.

휴메딕스 (25.2%), 바이오플러스 (20.7%), 이수앱지스 (20.7%)는 평균을 2배가량 웃도는 20%대의 탄탄한 수익성을 가진 기업들로 나타났다.

대한약품 (17.5%), 삼아제약 (14.6%), 에스티팜 (14.2%)은 코스닥 평균(12.0%)을 상회하며 준수한 실적을 냈다.

3분기 누적 영업이익 전년 동기 대비 성장세를 살펴보면, 평균 영업이익 성장률은 38.6%였으나, 상위권 기업들은 이보다 훨씬 높은 세 자릿수, 최대 3,500%가 넘는 폭발적인 성장세를 기록하며 시장의 수익성을 주도했다.

알테오젠이 전년 동기 대비 누적 영업이익이 무려 3,576.2% 폭증하며 전체 1위를 차지했다. 이는 마일스톤 유입 등 고부가가치 기술 수출 수익이 본격화되면서 이익의 규모와 질이 동시에 수직 상승한 결과로 보인다.

경동제약도 11배 이상(+1,183.5%) 성장하며, 2위를 차지했다.

에스티팜이 약 6배(483.1%) 성장했다. 올리고핵산 등 CDMO 사업의 수주 확대와 가동률 상승이 이익 개선을 강력하게 견인하고 있다고 분석된다

안국약품 (187.8%), 폴라리스AI파마 (180.9%) 두 기업 모두 180%대의 높은 성장률을 기록하며 이익 규모를 세 배 가까이 늘렸습니다. 특히 안국약품의 경우 3분기 누적 이익 규모도 157억 원으로 중견 제약사로서 입지를 다지고 있다.

이어 파마리서치 (75.9%), 바이오플러스 (42.6%), 신신제약 (29.9%), 휴온스 (24.7%), 휴젤 (19.4%)이 평균 증가율(38.6%)을 상회하며, 안정적인 성장세를 보였다.