마크로젠, 건설공제조합 대상 공사계약 보증금 청구 소송 대법원 전부 승소

보증금 -이자 약 19억 6천만 원 회수, 당기순이익 반영 재무 안정성 강화 "건설 공사 도급 계약 해지권 행사- 손해배상 책임 판단 기준 구체화한 실무상 의의 큰 판결"

AI 유전체 분석 기업 마크로젠은 세종캠퍼스 건설 관련 계약이행보증금 지급 청구 소송에서 법무법인 율촌과 함께 대법원 최종 승소(2025년 9월 26일 상고 기각)해, 건설공제조합으로부터 보증금 및 지연이자를 포함한 약 19억 6천만 원을 회수했다고 22일 밝혔다.

이번 소송은 2022년 10월 마크로젠이 세종캠퍼스 건립을 위해 새한건설㈜과 체결한 172억 원 규모 공사도급계약에서 비롯됐다.

회사 측에 따르면 계약 체결 두 달만인 같은 해 12월, 새한건설이 법정 회생절차를 신청하면서 공사 이행이 사실상 불가능해졌고, 마크로젠은 계약 해지 후 건설공제조합에 계약이행보증금 지급을 청구했다. 건설공제조합이 지급을 거부함에 따라 마크로젠은 법무법인 율촌을 법률대리인으로 선임해 소송을 제기했다.

1심 법원(2024년 4월)은 공정률 4.81%를 근거로 마크로젠의 청구를 기각했으나, 2심 법원(2025년 5월)은 판단을 달리했다. 항소심 법원은 "새한건설의 회생절차 진행 경위와 재무상황 등 제반 사정에 비추어 공사 이행이 사실상 불가능한 상황이었다"며 "공정률만으로 이행 가능 여부를 판단할 수 없다"고 판시하며, 건설공제조합의 보증금 지급 의무를 인정했다. 건설공제조합은 이에 불복해 상고했으나, 대법원은 2025년 9월 26일 상고를 기각하며 항소심 판결이 최종 확정됐다.

마크로젠은 이번 판결은 건설계약 분쟁에서 계약 해지와 손해배상 책임 판단의 기준을 구체화했다는 점에서 실무적 의의가 크다고 설명했다.  

회사 측은 “ 법원은 단순히 회생절차개시 신청 사실만이 아니라, 시공사의 재무 상태, 공사 재개 노력 및 다른 현장의 수행 정도 등 구체적 사정을 종합적으로 고려해 계약 해지의 정당성을 인정했다. 아울러 공사포기 합의서와 관련하여 별도의 손해배상 특약이 존재하지 않는다 하더라도 그 경위와 사실관계를 면밀히 검토해 손해배상청구권 행사 가능 여부를 판단해야 한다는 점을 명확히 했다”고 밝혔다. 

보증금과 지연이자는 2025년 5월 13일자로 마크로젠 계좌에 입금 완료됐다. 마크로젠은 올해 상반기 연결 기준 매출액 899억 원(전년 동기 대비 46.5% 증가)을 기록했으며, 이번 회수 금액은 2025년 3분기 당기순이익에 반영된다.

회사는 "이번 대법원 최종 승소는 당사 리스크 관리 체계와 적극적 소송 대응의 결과"라며 "재무 건전성을 제고함은 물론, 향후 사전 예방적 법률 리스크 관리 체계를 더욱 강화할 계획”이라고 밝혔다.

한편, 마크로젠은 지난해 12월 세종테크밸리 내 '마크로젠 세종캠퍼스'를 준공하고, 자동화 기반 대량 유전체 생산 시스템을 갖춘 종합 지놈센터로 운영 중이다.