아토매트릭스, 서울바이오허브-대원제약 오픈이노베이션 프로그램 선정

차세대 신약설계 기술로 성장 로드맵 가속

인공지능(AI)과 분자동역학(MD) 기반 신약설계 기업 아토매트릭스(대표 이은호)가 ‘2025 서울바이오허브-대원제약 오픈이노베이션 프로그램’ 2기에 최종 선정됐다. 

지난달 28일 서울바이오허브 글로벌센터에서 협약식이 열렸으며, 올해 참여 기업으로 아토매트릭스가 키텍바이오와 함께 발표됐다. 

아토매트릭스는 앞서 지난달 6일 중소벤처기업부가 주관하는 ‘팁스(TIPS, Tech Incubator Program for Startup)’ 과제에도  최종 선정됐다. 

팁스는 민간 투자와 정부 R&D 지원을 연계해 유망 중소벤처기업의 성장을 지원하는 프로그램이다. 아토매트릭스는 강원대학교 기술지주주식회사 추천을 받아 이번 과제에 선정됐으며, 이를 통해 3년간 연구개발비  5억원을 지원받게 된다.

팁스 선정과 함께 이번 선정은 아토매트릭스 핵심 기술 경쟁력과 사업 성장 잠재력이 대외적으로 인정받았다는 점에서 의미가 크다는 평가다. 

서울시는 공공-민간 협력 기반의 개방형 혁신 모델을 통해 글로벌 바이오·제약 유니콘 육성을 추진하고 있다. 해당 프로그램은 기술 검증, 사업화 컨설팅, 국내외 시장 진입까지 전 주기를 연계 지원하는 맞춤형 성장 패키지로 설계됐다. 

선정 기업에는 연구공간·공동장비 등 인프라가 제공되고, 전문 액셀러레이터 연계를 통해 기업 진단, 기술·사업화 컨설팅, 글로벌 시장 검증이 이뤄진다. 대원제약은 의약품 개발 경험을 바탕으로 시장성·제품화 가능성 평가와 피드백을 제공하며, 우수 성과 기업에는 자체 ‘더함 프로그램’ 참여 기회도 부여된다. 

이번 오픈이노베이션은 지난해에 이어 두 번째(2기)로 추진됐다. 서울바이오허브는 다양한 산업 파트너와의 협업을 통해 실질적인 시장 성과 창출을 목표로 한다는 방침을 밝혔다. 아토매트릭스는 이번 선정을 계기로 기술 상용화 단계로의 진입 속도를 높이고, 파트너사와의 공동 프로젝트를 통해 고객 현장에서의 문제 해결력과 재현성을 검증해 나갈 계획이다. 

아토매트릭스는 AI와 MD 기술에 기반한 막단백질 약리 신호 예측 플랫폼 ‘Allopiper(알로파이퍼)’와 단백질–약물 결합력 예측 플랫폼 ‘BARon(바론)’을 보유하고 있다.

회ㅐ사 측에 따르면 두 플랫폼을 결합하면 세포막 단백질–약물 상호작용부터 약리효과에 이르는 예측을 지원해, 초기 후보물질 발굴의 효율성 제고에 기여할 수 있다는 평가다. 회사는 SaaS형 자동화 CADD 플랫폼의 서비스화는 중장기 로드맵으로 준비하되, 단기적으로는 산업 파트너와의 공동검증·파일럿 적용을 통한 성능 입증에 역량을 집중한다. 

특히 GPCR 등 난이도 높은 막단백질 표적에 대한 정밀 시뮬레이션과 신호편향(biased signaling) 정량 예측 역량을 통해, 후보물질의 작용기전·선택성 가늠이 가능하다는 점이 차별화 포인트로 꼽힌다.

업계에서는 연구개발 불확실성이 높은 초기 단계에서, 계산 기반 고도화된 예측과 실험의 병행 검증(orthogonal validation)이 비용과 시간을 절감하는 핵심 전략으로 받아들여지고 있다. 

아토매트릭스는 이번 선정을 계기로 산업 파트너와의 공동검증 프로젝트를 확대하고, 실제 개발 현장에서 필요한 재현성·확장성 기준을 충족하는 데 주력한다는 계획이다. 회사는 파트너사와 협업을 통해 △표적·적응증별 레퍼런스 데이터셋 벤치마크, △후보물질 우선순위화 워크플로우 내 소프트웨어 모듈 통합, △규모 확장(스케일업)을 고려한 컴퓨팅 운영 최적화 등 현장 중심의 성능 입증을 단계적으로 추진한다.

또 아토매트릭스는 SaaS형 자동화 CADD 플랫폼의 서비스화는 중장기 로드맵으로 준비하되, 단기적으로는 고객 환경에 맞춘 파일럿 적용을 통해 사용성·효용성 지표(예: 타임라인 단축, 탐색 공간 축소, 후보물질 품질 개선)를 명확히 제시하는 데 집중한다. 이를 통해 기술 검증(PoC)→파일럿→확산(rollout)으로 이어지는 사업화 경로를 구체화하고, 축적된 사례를 바탕으로 국내외 제약·바이오 기업과의 공동 연구 및 해외 시장 진입을 단계적으로 확대할 방침이다.

이은호 아토매트릭스 대표는 “이번 선정을 통해 당사의 과학적 차별성과 사업화 잠재력에 대한 외부 신뢰를 확인했다”며 “서울바이오허브와 대원제약의 지원을 바탕으로 기술의 산업적 유용성 검증과 고객가치 입증을 속도감 있게 추진하겠다”고 말했다. 이어 “현장 데이터와 피드백을 반영한 지속적 고도화를 통해, 초기 후보물질 발굴의 효율·정확성·예측가능성을 높이는 데 기여하겠다”고 덧붙였다.

아토매트릭스는 연구개발과 사업화의 ‘연결’을 강화하기 위해, 파트너와의 공동 프로젝트를 통해 도출된 사례 중심 레퍼런스를 축적하고, 고객이 실제로 활용할 수 있는 표준 운영 절차(SOP)·가이드라인 제시까지 지원 범위를 넓힐 계획이다. 또한 데이터 거버넌스와 보안·컴플라이언스 체계를 단계적으로 정비해, 향후 서비스화 과정에서 요구되는 신뢰성·안정성 기준을 사전에 갖추겠다는 전략이다.

아토매트릭스는  AI·MD 기반 신약개발 스타트업으로, GPCR 등 막단백질 정밀 표적화와 약리 신호 예측 역량을 통해 초기 후보물질 발굴의 효율성을 높이는 데 주력하고 있다. 대표이사 이은호 박사는 FDA 승인 신약 ‘세노바메이트(Cenobamate)’ 공동 발명자이며, 공동창업자 이상배 CTO는 구조생물학·계산화학 기반 막단백질 신약 설계 분야 글로벌 전문가로 알려져 있다.