재판부는 "김종환 회장이 서울시약사회장으로서 모범을 보여야 하는 위치이고, 사회 통념상 선거기간 중 후보간 금품 거래 정황이 명확한 바 대한약사회 윤리위원회의 처분이 정당하다"고 판결했다.
재판부는 기각 판결 사유를 조목조목 지적, 선거관리규정 위반이 약사윤리위원회 심의 대상에 해당되지 않는다는 김종환 회장측의 주장에 대해 "약사윤리에는 회원 중 약사법령, 정관 및 제반규정을 위반한 자를 심사하고, 징계권한 사항을 심의하는 권한사항을 가지므로, 선거관리규정 위반도 심사할 수 있다고 보기 때문에 주장을 받아들이지 않는다"고 재판부는 판결했다.
또 , 이의신청기간 및 징계시효가 경과했다는 주장에 대해서도 "징계처분의 선거관리규정 제 53조 이의신청기간이 적용된다고 할 수 없고, 징계시효를 경과 했다고 볼수 없다"고 윤리위의 손을 들어줬다.
또한, "최두주의 예비후보 포기 직후 그에 대한 대가로 금품을 제공한 이상, 선거에 관해 금품 기부를 한 것으로 볼 수 있고, 후보자가 되려는 사람이 다른 예비후보자 측에게 후보등록 포기의 대가로 선거비용 보전을 해주는 것은 후보자 사이의 공정한 경쟁을 저해한다"며 , "선거의 공정을 방해하는 행위로서 징계사유가 된다"고 판단했다.
'선거권 및 피선거권 2년 제한'의 징계 처분도 "서울시약사회장에 대한 직위는 서울시 약사들을 대표한다는 점에서 일반 약사들에 비해 더 높은 윤리성과 청렴성이 요구된다"며 적정성을 인정했다.
재판부는 "징계처분은 원고의 선거권 피선거권을 일시적으로 제한하는 것이고, 약사회 내에서 선거의 금품이 개입되는 것을 막고 공정한 선거문화를 조성하는 공익이, 그로 인해 원고가 입게되는 불이익에 비해 결코 작다고 볼 수 없다"며 1심 기각 판결을 내렸다.