올해부터 '바이오 베터 임상시험 기술' 세액공제 적용

신성장·원천기술 적용범위 173→223개 확대…상속 관련 정책변화도 다수

올해부터 바이오 등 신성장분야에 대한 세액공제가 확대되고, 상속과 관련된 조세제도 등 광범위한 제도변화가 이뤄진다.

6일 기획재정부(이하 기재부)가 입법예고한 '2019년 세법개정 후속 시행령 개정'에서는 이 같은 내용이 포함됐다.

이번 개정령은 기재부가 2019년 12월 국회를 통과한 개정세법에서 위임한 사항을 규정하기 위해 마련한 20개 후속 시행령 개정안으로, 입법예고(1.6~1.28), 차관회의·국무회의 등 절차를 거쳐 2월 중 공포·시행될 예정이다. 

그중 혁신성장 지원을 위한 세액공제에서는 바이오 분야 등 신성장·원천기술 적용범위 확대가 이뤄졌다.

현재 미래형 자동차, 인공지능 등 11개 분야 173개 기술에 대해 신성장·원천기술 R&D 비용의 30~40%(대기업·중견기업 20~40%) 세액공제 적용되고 있었는데, 이를 첨단 소재·부품·장비 분야, 시스템 반도체 설계·제조기술 등을 추가한 12개 분야 223개 기술로 확대한 것이다.

바이오 분야는 '바이오 베터(Bio Better) 임상시험 기술'과 '바이오플라스틱 제조기술' 등이 적용항목으로 추가됐다.

제약·바이오에 직접 적용되는 것은 아니나, 산업계 전체에 적용되는 세액 관련 정책들도 있다.

우선 상속세 연부연납특례 적용대상 확대와 요건완화가 이뤄진다.

상속세 연부연납 특례(10년·20년) 대상을 가업상속공제 대상에서 그외 기업승계시까지 확대하는 내용이 중심이다.

기존에는 규모로는 중소기업 및 매출액 3천억원 미만 중견기업이, 업종으로는 가업상속공제대상 업종만이 대상이었으나, 이를 개정해 중소기업 및 전체 중견기업(규모), 소비성서비스업 외 전체 업종(업종)으로 확대한 것이다.

피상속인은 10년 이상 최대주주 및 주식지분을 보유(상장 30%, 비상장 50%)하고, 10년 이상 대표이사로 재직해야 했는데, 개정법에서는 각각 5년으로 기한이 줄었다. 상속인에 대해서는 상속개시 전 2년 이상 가업 종사하고, 상속세 신고기한 내 임원 취임, 2년 내 대표이사 취임 등 조건이 있었는데, 사전 가업종사 요건이 삭제됐다.

제도 시행은 올해 1월 1일 이후 연부연납을 신청하는 대상부터 적용하며, 구체적 특례적용 요건은 시행령에 위임한다.

가업상속공제 배제대상에 대한 형사처벌 범위도 규정됐다. 피상속인･상속인이 가업 경영과 관련해 탈세 또는 회계부정으로 징역형 또는 대통령령으로 정하는 벌금형을 받은 경우 가업상속공제 혜택을 배제하는 내용이다.

이는 '조세범처벌법', '주식회사 등의 외부감사에 관한 법률'에 따라 가중처벌되는 행위로 인해 벌금형을 받은 경우에는 가업상속공제 대상에서 제외되는 것으로, 탈세는△포탈세액이 3억원 이상+포탈세액등이 납부해야 할 세액의 30% 이상, △포탈세액이 5억원 이상이 이에 해당한다. 회계부정은 재무제표상 변경된 금액이 자산총액의 5% 이상일 때 해당한다.

생산성향상시설 투자세액공제 적용대상을 명확화하기도 했다. 현재 공정개선·자동화시설 등에 대해 투자세액공제 적용하고 있는데, 적용대상에 스마트공장(데이터에 기반하여 제품의 생산 및 제조과정을 관리․개선하는 지능형 공장시설)이 포함됨을 명시했다.

이와 관련, 투자세액공제 적용은 올해(2020.1.1~2020.12.31)는 대기업 2%, 중견기업 5%, 중소기업 10% 세액공제가 적용되며, 내년(2021.1.1.~2021.12.31)에는 대기업 1%, 중견기업 5%, 중소기업 10% 세액공제가 적용된다. 2022년부터는 각각 대기업 1%, 중견기업 3%, 중소기업 7% 세액공제가 이뤄진다.

그외에도 내국인 우수인력 국내 복귀 시 소득세 감면 요건을 규정했다. 이는 학위 취득 후 국외에서 5년 이상 연구·기술개발 경험을 가진 내국인 우수 인력이 국내 취업(기업부설연구소, 연구개발전담부서, 정부출연연구기관, 대학·대학부설연구소 등)을 하는 경우 5년간 소득세를 50% 감면하는 내용이다.

내국인 우수 인력은 △자연계·이공계·의학계 분야 박사학위 소지자 △취업일 또는 소득세 최초 감면일 직전 5년간 국외 거주 △국외의 대학 및 연구기관 등에서 5년 이상 연구·기술개발 경험(구체적 판정방법은 시행규칙으로 규정) △취업한 기관과 경영지배관계 등이 있지 않은 경우 인정된다.