식품의약품안전청은 PPA 함유 의약품 파장과 관련 PPA 함유 의약품 연구결과에 제약업소의 입김이 작용했다는 주장 및 PPA 함유 의약품의 사전 대량방출 의혹에 대해 사실과 다르다는 입장을 분명히 했다.
식약청은 PPA 함유 감기약 연구결과에 대한 제약업소의 입김 의혹에 대해 "PPA는 일부 제약회사만이 생산하는 의약품으로서 동 제품을 지속적으로 생산하기 위해서는 동 제약업소가 제품의 안전성을 입증하여야 하는 수익자 부담 원칙에 따라 연구비를 부담했다"며 " PPA 복합제 사용과 출혈성 뇌졸중 발생간의 관련성 구명을 위한 연구를 실시한 것"이라고 설명했다.
특히 이번 연구는 연구비용을 부담한 43개 제약회사와 독립적으로 진행되어 왔으며 PPA 함유 제제의 뇌졸중 위험 가능성이라는 연구결과로 인하여 제조 및 판매 중지 조치를 하게 된 것이 이를 반증하는 것이라는 것이 식약청 입장이다.
식약청에 따르면 미국의 경우 예일대의 연구도 미국 제조업자가 후원하여 진행되었으며 동 연구 이외에 PPA 이외의 우황청심원 임상시험 및 대체물질 연구, 약효재평가에 의한 임상시험연구도 수익자 부담 원칙에 따라 해당 제약사의 부담으로 진행돼 왔다.
또한 식약청은 PPA 함유 감기약의 사전 대량방출 의혹에 대해 2004년 6월 25일자 식약청에 연구결과가 제출된 후 식약청은 연구내용을 외부에 공개하지 않고 내부검토를 진행하였으며, 지난 7월 16일에서야 제약협회에 처음 알렸으므로, 이때까지 제약업계는 연구결과에 대하여 전혀 모르고 있었다고 주장했다.