'세무회계지킴'이 알려주는 약국 ‘양수도·세금 신고’ 함정과 탈출법
권리금 8.8%로 끝? 종소세·건보료까지 따져야 진짜 절세
“몰라서 낸 세금만 수천만원”…실전 사례로 배우는 절세 전략
권혁진 기자 hjkwon@yakup.com 뉴스 뷰 페이지 검색 버튼
입력 2025-07-18 06:00   수정 2025.07.18 06:00
세무회계지킴 강민우 공인회계사가 13일 경기 수원컨벤션센터에서 열린 '제20회 경기약사학술대회'에서 발표하고 있다.©약업신문=권혁진 기자

약국 인수를 준비 중인 대부분 약사는 약국을 인수하는 양수도 과정을 거치게 된다. 권리금 계약부터 임대차 계약, 폐업 및 개업신고까지 세무와 관련된 절차는 생각보다 복잡하고, 이 과정에서 수백만에서 수천만원의 손해가 발생할 수 있다.

또한 약국 운영 중에는 종합소득세 신고, 고용 세액공제, 건강보험료 정산 등 매년 반복되는 세무 이슈에 대응해야 한다. 신고 방식이나 고용 형태에 따라 수백만원의 차이가 발생하기도 한다.

세무회계지킴 신희망, 강민우 공인회계사는 최근 수원컨벤션센터에서 열린 경기도약사학술제에서 '약국 양수도시 세금과 공과금' '사례로 보는 약국 종합 소득세 절세 방안'을 주제로, 약국 개국과 운영 과정에서 발생하는 세무 문제를 해결할 수 있는 해법을 제시했다.

이들은 "권리금 원천징수, 고용세액공제, 건보료 소득정산 등 꼭 챙겨야 할 항목만 잘 이해해도 세무 리스크를 줄이고 현금흐름을 안정화할 수 있다"고 입을 모았다.

이번 행사는 경기도약사회가 주최하고 메디칼매니지먼트그룹(MMG)과 약업신문이 공동 주관했다.

'8.8%' 원천징수, 누가 내기로 했는지 명확히 하라

약국 양수도 과정에서 가장 빈번한 분쟁은 권리금에 대한 8.8% 원천징수 부담 주체다. 권리금은 기타소득으로 간주돼 60% 필요경비를 공제한 후 나머지 40%에 대해 22% 원천징수가 적용된다. 결과적으로 실효세율은 8.8% 수준. 

신 회계사는 "권리금 8억원 중 6억원을 신고할 경우, 5000만원 이상 세금을 납부해야 하는데, 이를 매도자가 부담하면 8억원 중 7.5억원만 수령하게 된다"면서 "반대로 매수자가 부담하면 8억원 외에 5천만원을 추가로 내야 한다"고 설명했다. 계약 시 반드시 8.8% 세금을 누가 부담하는지를 서면에 명확히 해야 분쟁을 피할 수 있다고 강조했다.

권리금의 8.8% 내면 끝? 실제론 최대 12%까지 매도자 추가 부담

신 회계사는 "권리금 계약 시 8.8% 원천징수만 납부하면 세금은 끝난다고 오해하는 경우가 많지만, 실제로는 종합소득세 구간에 따라 평균 5~8% 추가 세금이 발생한다"고 설명했다. 

이어 그는 "결국 권리금 수령액의 12~20% 수준까지 세금이 부과될 수 있으므로, 권리금 협상 시 이를 반드시 고려해야 한다"며 "이 구조를 이해하면 매도자는 권리금을 투명히 신고해 세무조사 리스크를 관리하고, 매수자는 권리금 인상액보다 더 큰 비용처리 효과를 통해 절세 전략을 마련할 수 있어, 결과적으로 투명의 손해를 줄이는 윈윈 협상이 가능하다"고 덧붙였다.

가계약금 영수증에 써 있는 '배액배상' 조항? 실제 효력 없다

가계약 단계에서 매수·매도자 간 서면 없이 계약금만 오가는 경우도 흔하다. 이때 중개인이 작성한 가계약 영수증에 '매도자가 파기 시 계약금의 3배 배상' 같은 조항이 적혀 있어도 실제로는 법적 구속력이 낮다. 

신 회계사는 "중요한 세금 조건이나 계약 해지 기준은 권리금 본계약에 포함되므로, 그 이전 가계약 영수증 단계의 구두 협의 사항들에 대해 입증하기 어려운 것이 현실"이라면서 "같은 이유로 본 계약 조항을 충분히 검토하고 숙고하기 위해 사전에 임대차 계약일과 권리금 계약일은 2~3일 이상 기간을 두고 진행하는 것이 바람직하다"라고도 조언했다.

(왼쪽부터)세무회계지킴 강민우, 신희망 공인회계사.©약업신문=권혁진 기자

고용 늘리면 세금 줄어든다…최대 1550만원 × 3년

강 회계사는 "약국 절세 전략의 핵심은 비용처리가 아니라 세액공제"라고 말했다. 가장 강력한 제도가 고용증대세액공제다. 

수도권 기준으로 상시근로자 1명 증가 시 연간 최대 1550만원, 3년간 4650만원까지 세액공제가 가능하다. 특히 청년(만 34세 미만), 60세 이상, 경력단절 직원 고용 시 높은 공청액이 적용되며, 파트타임도 주 15시간 이상 근무하고 4대 보험이 적용되면 0.5~0.75명으로 산정된다. 고용 유지가 3년간 이뤄지면 환수 위험도 없다.

1인 약국도 가능…일용직에서 정규직 전환 시 절세 효과

고용세액공제는 신규 개국 약국이나 1인 약국에도 적용할 수 있다. 강 회계사는 "일용직 전산원을 주 15시간 이상 근무하는 파트타이머로 4대 보험에 가입시키면, 0.5명 인정 기준 3년간 1000만원 이상의 세액공제를 받을 수 있다"고 설명했다. 

이때 4대 보험 부담이 늘더라도 실제로는 연간 900만원 이상의 현금유출 감소 효과가 발생한다. 단, 퇴사 등으로 고용이 줄면 환수 가능성도 있으므로 세무대리인의 사전 관리가 필요하다.

한편, 세무회계지킴은 약국 세무에 특화된 전문 회계법인으로, 세무 전략과 맞춤형 상담 서비스를 제공하고 있다. 최근 5년 내 양수도 경험이 있는 약국을 대상으로 고용증대세액공제 누락 여부를 점검하는 온라인 진단 서비스도 운영 중이다.

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